Keď fúzatí bratia v jednotke zachránili rozkošnú princeznú Peach pred zlým veľjašterom Bowserom, ktorého premenili na „malojaštera“ a neškodného domáceho maznáčika, mysleli si, že majú hotovo. Lenže videoherní fanúšikovia, ktorí svet Super Mario Bros. dobre poznajú, vedia, že sa v ňom vyskytuje pár ďalších jedincov schopných škodiť. Ako napríklad Bowser junior, ktorému osud ocka nie je vôbec ľahostajný. Okrem jeho záchrany by si rád s Luigim a Mariom vyrovnal účty, pretože z kráľa mocnej rasy Koopov si nikto žarty robiť nebude. Skrátka, obaja inštalatéri si budú musieť znovu navliecť montérky a začať makať. Divákov však čaká nekonečná zábava plná humoru a bláznivých nápadov, v ktorej sa objavia staré známe tváre, ale aj nové postavy, na ktoré sa v prvom diele nedostalo – napríklad Yoshi, asi najroztomilejší dinosaurus v dinosaurej histórii.